九幽世界，弃剑山庄三公子沈振衣得上古武学《万藏剑经》，引得江湖武林觊觎。魔宗领袖蓑衣人为夺剑经与其决战，三公子却从此销声匿迹。一年后，弃剑山庄重开山门，沈振衣竟要收徒亲授《万藏剑经》！江湖群豪为之震动！烈阳府女弟子楚火萝，机缘巧合下成为沈振衣徒弟。随着师徒两人连破迷局，危机也在悄然逼近，最终的阴谋浮出水面之时，一切的缘由，都指向了一个名为“斩月飞仙”的古老传说。
四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中，在师父（成龙 配音）的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类朋友艾普的帮助下，开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了……
