阳光明媚的一天，盛大的B级美食嘉年华在春日部市召开，野原新之助（矢岛晶子 配音）看到新闻后兴奋非常，于是和樱田妮妮、风间彻、代全林、佐藤正男等好朋友们商定，偷偷前往嘉年华大饱口福。与此同时，B级美食嘉年华举行的消息也传到所谓的A级美食机构。该机构最高负责人满美食大人（中村悠一 配音）对B级食物充满鄙夷，他决定彻底摧毁这些下等吃食。未久，A级美食的飞船飞临嘉年华，对底层料理手艺人进行无情驱逐。为了挽救B级美食，炒面阿健决定启用传承已达五十代的秘制酱汁。阿健的相好红子走投无路，将酱汁罐子交给春日部防卫队的各位。 小新和朋友们无意间承担起包围B级美食的重任……
小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险…… 另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500 年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为 “魂心”的未知力量，贪婪又邪恶的贾维斯企图利用这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解彼此的嫌隙？波尔凯尼恩与玛机雅娜又有着怎样的渊源？他们要如何共同对抗贾维斯拯救阿佐特王国？玛机雅娜的最终命运又将如何结局？一场精灵宝可梦史上最伟大的战役即将展开！
李（凯特·玛拉 Kate Mara 饰）是一名出色的企业问题分析解决专家，专门四处奔波，被陷入了困境的大企业出谋划策。某一日，她接受了一个极度机密的任务，被带到了一个无人知晓的神秘研究室，在那里，关着她需要解决的“问题”，然而，让李没有想到的是，这个人人谈之而色变的难题，竟然是一个叫摩根（安雅·泰勒·乔伊 Anya Taylor-Joy 饰）年轻女孩。 摩根虽然看似普通，但实际上却是生物工程学所研究出的杰出作品，她没有父亲，没有母亲，是由单纯的DNA进化而来。摩根拥有着极为敏捷的行动，异常聪慧的头脑，相当惊人的生长速度，这一切让科学家们很快就感受到了强大的威胁。
