在某个时间点的日本，突然出现了文学书全部被染黑的怪异现象。 这是由书中带着负面情绪诞生的“侵蚀者”所导致的灾难。 被侵蚀的文学书，会逐渐地从人们记忆中消失，最后变得像是从一开始便不曾存在过一样。 于是，有特殊能力的“炼金术师”作为特务司书被派遣至图书馆， 为了对抗破坏书 中世界的“侵蚀者”、为了守护文学，与转世的文豪们一起战斗。
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15岁的米尔顿中学女学生金姆（克里斯蒂·卡尔森·罗曼诺 Christy Carlson Romano配音）看上去只是一个普通的邻家女孩，聪明伶俐又有点儿固执。白天，她像所有的中学生一样，每天按时去学校上课，还要面对处处跟她作对的啦啦队员邦妮。但金姆又不是一个普通的女孩。夜晚，她变身麻辣女孩，现身在世界任何一个发生危险的角落，成为坏人闻之胆怯的超级英雄。麻辣女孩拥有可爱男生冲不停和他的宠物鼠拉夫斯两位好搭档，不仅如此，她还得到精通网络的电脑天才伟德的帮助。麻辣女孩肩负着对抗邪恶的神圣使命，一次次从邪恶的犯罪分子手里拯救我们的世界。
由于家人的缘故，姬小路秋人（逢坂良太 配音）和姬小路秋子（木户衣吹 配音）这对从小就分离的兄妹即将重新同住一间屋檐下，令以写禁断小说为生的秋人意想不到的是，自己的妹妹，曾经天真可爱的秋子如今居然成为了一个兄控！果然，倡导“兄妹之间的爱才是珍贵的纯洁感情”的秋子对秋人发起了猛烈的攻击。 在秋人的身边还聚集了一群姿色可人的美少女，这让秋子感到如临大敌。扎着金色双马尾，总是莫名其妙的就说起了H话题的傲娇娘那须原安娜（茅原实里 配音）；表面柔弱内心腹黑的猿渡银兵卫春臣（下田麻美 配音）；个性火爆但十分可靠的二阶堂岚（喜多村英梨 配音），她们的存在为秋人本来就很混乱的生活火上浇油。而总是用血缘关系拒绝秋子的秋人隐藏了一个惊天秘密——他和秋子之间，其实并无血缘关系。
本动画由《座敷童子》《海坊主》《无脸怪》《鵺》《化猫》五个故事组成，背着一个大药箱、持着一把退魔之剑的卖药郎（樱井孝宏 配音）是每一个故事的联结者。妖怪的形成，是由人类的种种因缘引起的；要想拔出退魔之剑，就必须要凑齐“形、真、理”。“形”即由人的因缘所引起的妖怪的形态；“真”即事件的真相；“理”即当事人心里真实的想法。 雨夜里，一名怀孕女子来到旅馆投宿，老板娘将她安排到一个从不住人的房间里。同时，有个追杀此名女子的男人也来到旅馆。不久后，奇怪的事情发生了。卖药郎得知妖怪的“形”乃怨灵“座敷童子”，而“真”和“理”究竟是……在卖药郎的询问下，老板娘说出了多年的真相，原来这家旅馆的前身是青楼，而这个房间，竟然是……
讲述一艘搭载新式武器的日本护卫舰‘未来’，意外地由于时空次元的扭曲，竟遇见六十年前（1942年），第二次世界大战中，日本与美国、世界为敌的中途岛海战战场！在被部分人视为第三次世界大战前哨的美阿战争发生时候，审视这部作品写于之前的战争漫画，更有令人难以逼视的气魄-原来人类的杀戮永远迫近在侧。 川口开治的作品一向带有强烈的社会意识，对人类政治的演变一向有独到的见解。将发挥想像力于极致的预言，铺展出难以抵赖的现实意涵，和令人瞠目结舌的思想深度。也因此川口开治的漫画如此被人刮目相看，因为它的主题重量直逼纯文学。 作者在《ZTPANG次元舰队》第一册的扉页如此写道：‘日本人挑起了一场与美国和世界各国为敌的战争。这事一场倾全国之力投入杀戮的战争，现在回想起来，实在很难理解为什么会发生这么残酷的事，但对当时的人而言，这段残酷不堪的回首的历史却是他们曾经亲身度过的岁月。’，于是他自言这部作品的创作初衷：‘希望探讨这不同时代的人与人的鸿沟。’，这部作品应可看做以现代人的眼光，凝目、检视战争世代的人们的苦痛与执迷吧？ 其实岂是同一国家民族内，不同世代之间有鸿沟？同时代下，不同的族群、不同的国家、甚至不同个人之间，又何尝不含藏巨大的鸿沟？这鸿沟当以恶劣暴戾的形式展现时，就是战争。并见诸口舌、政治、权力与武力的讨伐。当以慈悲、谦逊、体谅、爱美和爱理想的形式展现时，又可以产生了像这样憾动人心如此的艺术作品。就像剑的两面刃一般。 曾角逐日本自民党党魁候选人的经济财政特命大臣－麻生太郎，对《次元舰队》漫画赞誉如下：他觉得《次元舰队》是目前日本最有意思的一套漫画。他并说：‘漫画有助于决策者掌握日本社会的脉动。’。川口老师的作品中，不仅反映社会百态，更指向政治的最争议－日本的自我定位、国际角色的探寻、个人与国家的关系、对战争与核武迷思的批判、世界和平的追寻。
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。
