伊娃（蒂尔达·斯文顿 Tilda Swinton 饰）是一名梦想周游世界的职业女性，但突如其来的婚姻和意外的怀孕使她放弃了自己的理想，成为了一名家庭主妇。可是，她的牺牲换来的却只有失望。从小凯文（Jasper Newell 饰）就不是个令人省心的孩子，无休止的哭闹，对母亲的关怀无动于衷，对于这样一个孩子，伊娃难免有些自暴自弃。很快，一个小女儿的诞生打破了僵局，遗憾的是，小姑娘天生失语，这悲惨经历更是让伊娃将自己全部的爱倾注在了她的身上。成年后的凯文（埃兹拉·米勒 Ezra Miller 饰）与母亲之间的距离越来越远，倒是和父亲颇为亲近，他爱好射箭，父亲便送了一副弓箭给他，没想到，正是这副弓箭带给了这个家庭以及整个社会一次破灭性的打击。凯文到底怎么了？谁也无法回答，就连凯文自己，面对这样一个问题，也只能沉默以对。
民国初期，袁世凯称帝被推翻后，命其子袁克齐执行报复行动，精武门义士刘泽波、刘小英兄妹奋不顾身救走精武门后人。袁世凯召其义子白鹰回国协助，克齐对白心存忌恨。霍剑前往史家庄找岳父史威追讨欠债，巧遇刘氏兄妹带着一群孩童被克齐手下追杀。霍两次出手相救。激战中．刘泽波因伤重去世，临终托霍剑保护众人上路。与此同时，史威带女儿史月儿到长虹客栈收帐，与克齐手下发生冲突，幸得白鹰出手相救，原来，白鹰与史月儿在国外是同窗。小英带孩子们逃至真如寺，待白鹰与手下赶到，众小孩已化装成小和尚，白以佛经考察小和尚，岂料小孩均能一一应对。白与手下离去，途中发现疑点，与众人折返，而寺内已空空如也。小英带孩子们逃至史威家中找前来讨债的霍剑帮助掩护众人前往蔡将军处。途中，一行人被埋伏的白鹰手下追杀，白拦住众人，正要下手，月儿追至向白鹰晓以大义，白鹰终被说服，放走众人。正欲回府，忽见克齐出现，克齐早对白鹰不满，两人大战一场，白鹰负伤而逃。霍剑等人逃至华洋货栈，不料接头人已被杀死。次日清晨，克齐带大批手下追至，小英与霍剑相继受伤。白鹰带伤助战，最终白与小英联手将克齐杀死，两人亦伤重死去。霍剑与月几将孩子们安全送达蔡将军处。并最终结为夫妇。
小铃（能年玲奈 配音）是一个整日里慢慢腾腾迷迷糊糊的姑娘，最大的爱好就是画画。眼看着到了嫁人的年纪，在父母的安排下，小铃来到了吴市，嫁给了名为北条周作（细谷佳正 配音）的男子，成为了北条家的媳妇。
21世纪初，人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败，人类只得再度返回地球。而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。 但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流水。 拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。 另一方面，比尔沙尔德的指挥官·加尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。
