红色

　　身为博学派的领导人，珍宁（凯特·温丝莱特 Kate Winslet 饰）对分歧者翠丝（谢琳·伍德蕾 Shailene Woodley 饰）和老四（提奥·詹姆斯 Theo James 饰）展开了无情的追杀，翠丝的父母在追杀之中双双死去。
　　两人一路逃亡，并且不断的试图获取其他派系同仁的支援和结盟，想要扩大实力，推翻珍宁的残暴统治。让两人没有想到的是，曾经最一无是处的无派系阵营如今成为了革命的中坚力量，而反抗军的首领，竟然是老四失散多年的母亲伊芙琳（娜奥米·沃茨 Naomi Watts 饰）。然而，种种意外的发生令老四开始怀疑自己的母亲实际上另有打算，与此同时，翠丝亦发现了父母生前所隐藏的秘密。以这个秘密为诱饵，翠丝孤身一人来到了敌人大本营。

　　第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
　　此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
　　在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。