曾经，来自海洋的神秘敌人“塞壬”向人类发起了猛烈的进攻，“碧蓝航线”的少女们凭借着她们钢铁般的意志与敌人奋勇作战，最终击败了对手，守护了人类。然而，随着时间的流逝，碧蓝航线内部因为理念的差异逐渐产生分化，衍生出了名为“赤色中轴”大的对立阵营。 被称为“灰色的幽灵”的最强英雄企业（石川由依 配音）、每天都迷迷糊糊但关键时刻意外的顶用的拉菲（长绳麻理亚 配音）、虽然年纪不大但成熟体贴的大黄蜂（山本希望 配音），个性好强但心地善良的哈曼（伊藤明日香 配音），面对动荡的时局，当这些少女们再一次被推上战场，会发生怎样的故事呢？
主角陆州穿越到异世大陆成为一个被围攻的大魔头，他有九个徒弟，个个都不是善茬，同时还遭遇各大门派围攻主角门派的危机，好在系统金手指及时出现帮他渡过难关，之后便开启了他的装逼之路。 陆州一觉醒来成了世间最强大最老的魔头祖师爷姬天道，他的九个徒弟威震天下且恶贯满盈，如大徒弟幽冥教教主手下万千魔众，二徒弟剑魔一言不合就开杀戒。主角虽掌握无敌的修为，但调教这些恶徒是一大难题。 大徒弟于正海自负地认为自己最强，不愿接受指导，陆州便以身作则，让他明白团队合作的重要性，通过共同面对挑战使他逐渐接受指导并学会团队合作与尊重他人意见；二徒弟剑魔不受控制、攻击性强，陆州安排他参与团队活动，教导他控制情绪，使他学会与他人和平共处；七徒弟司无涯过度依赖师父，陆州鼓励他参与挑战，给予更多责任，让他逐渐独立，明白自己的能力价值并为团队做出贡献。在陆州的精心调教下，部分徒弟逐渐改变态度和行为，陆州也从调教徒弟的过程中获得成长和满足感。
故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
