上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
亚当·米切尔（埃里克斯·肯德里克 Alex Kendrick饰）、南森·海耶斯（肯恩·拜沃尔 Ken Bevel饰）、谢恩·福勒（凯文·唐斯 Kevin Downes饰）以及大卫·汤姆森（本·戴维斯 Ben Davies饰），四位随时复命的执法者，每天都生活在危险之中。为他人服务和维护社会安全是他们的责任，然而在扮演丈夫和父亲的角色上，四位硬汉却显得无能为力。在一次暴力事件中，他们的家人还是遭遇到了不幸，四人陷入了深深的自责与恐惧之中。终于，他们决定从阴霾中站起，依靠自己的力量和命运决斗。四人以上帝为名，制定了一份承诺书。在友谊和父爱的支撑下，他们正履行着这份坚守到死的承诺。
