上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
一个名为“奥利安之带”的小岛，由于地理位置敏感，受到俄国、格陵兰和北欧诸国的严密关切。汤米等三名挪威水手因为船只故障而登上这个小岛，并在无意中发现了俄国的军事设施，因而遭到追杀。经过一番惊险大逃亡，汤米的两名同伴命丧大海，而汤米侥幸躲过一劫。最后汤米决定把真相公诸于世，以慰籍好友在天之灵。
洛杉矶警察杰克墨菲（查尔斯.布朗森）这下遇到大麻烦了，之前与他有深仇大恨的敌人竟然残酷地杀死自己的老婆，并试图栽赃给杰克。即使所有人都认为莫非有罪，他还是成功从监狱中逃脱，只为了报复并抓到真正的凶手，说什么也要洗清自己的罪名。
