经过近两百年的太平盛世，德川幕府已经不再需要忍者。
华龙是一名身经百战的女忍者，但如今她的任务内容就只剩下暗杀。
在执行暗杀任务中，华龙发现自己的目标已经被敌对组织的女忍者鸦斗女抢先解决，而且不知出于什幺原因，对方对华龙充满了恨意，两名女忍者就此展开一场惨烈血腥的死斗。
在《Fate/Zero》中，与征服王伊斯坎达尔一同跨越了第四次圣杯战争的少年，韦伯·维尔维特。时光流转，少年继承了君主·埃尔梅罗的称号，以君主·埃尔梅罗Ⅱ世的身份，在魔术师们的总部·时钟塔面临了各种充满神秘的事件—
60年前，前所未有的“不眠症”袭向这个世界。无法睡着的人们在精神上一个接一个的生病。自杀、严重的暴力事件也因此频频发生，而变成一个重大的社会问题。虽然状况随着新药剂的开发，而渐渐的安定下来。但因为药剂有副作用，也因此造成20亿人的发病，间而诞生「嗜血种」这样的新生命体。之后，“嗜血种”与人类之间的战争爆发, 虽然最后以人类方的胜利收场，但是残留下来的嗜血种却还是存在于这个世界上….。最终，人类凭着人造血液及被称为“D-GPS”的嗜血种管理系统，来保障嗜血种的生存权利。 这个故事，是在人类与嗜血种共存为日常生活的舞台上进行的。
