尊尼在回家不幸撞上十八轮的大货车，死里逃生，昏迷了五年，在桑恩维萨克大夫的治疗下，终于醒了。撞伤后的尊尼，变成有奇特的超能力，不但能预测护士家失火，也能看到大夫的过去，顿成镇上的风云人物。
影片背景设置在11世纪的波斯，一位英国人为了学习医术掩盖其天主教徒的身体，加入了伊斯巴罕一所只招收犹太人的医学院。他治随的老师名叫阿维森纳，是历史上著名的犹太科学家、思想家和医生。阿维森纳的著作达200多种，最著名的有《哲学、科学大全》，在当时是高水平的百科全书；另一部 巨著是《医典》，直到17世纪西方国家还视为医学经典，至今仍有参考价值。《神医》结合史诗与虚构，展现了在那个被愚昧和迷信统治的世纪里一群人探索真知的无畏精神。
