高町奈叶（田村由香里 配音）是一位平凡的高中三年级学生，某日，在上学的路上，她同来自异世界米德其路达的尤诺（水桥香织 配音）相遇了。尤诺告诉奈叶，她正在寻找遗落人间的太古遗产“圣石之种”，这种珍贵的宝物蕴藏着巨大的能量，如果弃之不顾有可能在人间界造成巨大的破坏，接二连三的波折之后，奈叶成为了帮助尤诺回收种子的魔法少女，开始了一段充满了危险和刺激的奇幻旅程。某日，一位名叫菲特（水树奈奈 配音）的金发少女出现在了奈叶的面前，她和奈叶一样同为回收种子的魔法少女，也就是说，她们的关系是竞争者。奈叶能够打败这样一位强劲的对手吗？对于菲特来说，温柔而又努力的奈叶又是一种怎样的存在呢？
“自从来这里以后，我就不用再背负生活的重担。或许正因如此，我才能真正地全力以赴。” 欢迎来到这座位于热带岛屿的宝可梦度假村，新手礼宾员春绘与伙伴可达鸭携手迎客，与前来度假的宝可梦共度一段美好温馨的成长时光。 春绘（能年玲奈 配音）已逐渐摆脱新手的青涩，与可达鸭一同接待海 魔狮、小猫怪、伦琴猫、风速狗、龙虾小兵等许多新的宝可梦开心入住。春绘与这群贵宾相处得轻松又愉快，偶尔才有突发状况需要处理。某天，一个名叫肯特（町田启太 配音）的男子出现了，而他似乎是春绘的前男友。他为什么会来 ？他与春绘的关系又会如何发展？除此之外，泰勒的叔叔丹（山路和弘 配音）也带着与他相伴15年的海魔狮来度假，只是他时而露出落寞的神情，好像在烦恼什么事情……
