半年前的一连串遭遇，彻底改变了三年级小学生高町奈叶（田村由香里 配音）的人生，她以魔法少女的身份邂逅了可爱的小伙伴尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰），并通过连番激战与深锁着无数秘密和烦恼的菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）成为莫逆好友。新学期开始，菲特以小学生的身份转入奈叶的班级，一切看似进入了平稳期。克就在某个毫无征兆的夜晚，奈叶和菲特遭到手持暗之书的维塔（真田麻美 配音）等三名违法渡行者的袭击，她们的魔导器也被破坏。 新的危机，新的对手，一切朝着不可预知的方向发展……
幕末时期，时局动荡，暗流涌动。甲州武士机龙之助（仲代達矢 饰）剑术绝伦，却拥有一颗邪恶阴暗之心。在一次剑术比赛前夕，对手宇津木文之丞（中谷一郎 饰）的妻子阿滨（新珠三千代 饰）恳求他败给丈夫，甚至不惜委身于他。然而在次日的对决中，龙之助仍然以绝对优势杀死文之丞。在此之后 ，他和被休的阿滨离开甲州，浪迹江湖。两年后，他以杀手身份加入新选组，替幕府斩杀反抗义士。在此期间，文之丞弟弟兵马（加山雄三 饰）也来至江户，并拜入剑豪岛田虎之助（三船敏郎 饰）的门下，等待为兄长报仇的良机。宿命的相逢无可避免…… 本片根据中里介山同名原著中“甲源一刀流の巻 - 03 壬生と島原の巻”部分改编。该小说在报纸上连载23年，被称作“世界上最长的历史小说”。
