在一个晴朗明媚的日子里，自称废柴的学生君逆回十六夜（浅沼晋太郎 配音）、温柔善良爱护小动物的春日部耀（中岛爱 配音）以及高傲自大的大小姐久远飞鸟（布里德卡特•塞拉•惠美 配音）各自收到一封邀请函，信中说道：“告知烦恼众多、拥有异能的少男少女，如果期望一试自己的才能，那么就抛弃世上的一切，到我等的‘箱庭’来”。原来他们三人均为拥有超能力的问题儿童。似乎接受了邀请，他们被抛入风景秀美的箱庭世界，并遇见说明人黑兔（野水伊织 配音）。十六夜他们得知，必须运用天赐的特异功能在箱庭进行难度不等的神魔游戏。不按常理出牌的主人公以及藏着无数秘密的箱庭，一切变得好玩起来……
克隆战争进行到了第四季，故事将从纳布星球的一场水下战役开始....
在游戏中心打工的青年草壁莲司，偶然目睹了一幕：情人节当天，一位英国少女莉莉独自一人沉迷于抓娃娃机。无论尝试多少次，她始终无法抓到奖品，眼看着要落泪的她，让莲司忍不住伸出援手。在成功抓到娃娃后，莉莉几天后送给莲司一张意想不到的信息卡——“Be My Valentine!”（请做我的恋人！）这是与一位可爱而天真烂漫的英国少女的邂逅，一个因误会而起的异文化交流故事，就此在游戏中心展开！
