影片讲述了为守护流落民间的忠良之女邱莫言及其手中的明朝海防图，龙门客栈老板娘金镶玉（娄艺潇饰）与江湖侠客周淮安（梁森饰）结缘，二人联手与神秘而强大的倭寇傀儡师（陈志朋饰）和前来追缉的东厂势力上演了一场尔虞我诈的江湖纷争。各方势力你方唱罢我登场，在龙门客栈的诡异龙船上搅动风云，在如此险局之中，金镶玉与周淮安之间既有并肩作战的江湖豪情，又有坚定的家国大义，其中情怀让人动容。此次，影片重新诠释经典故事，二人的感情将迎来怎样的结局，龙门客栈最终归处在何方，悬念迭起静待观众来揭晓。
本片根据香港60年代轰动一时的“三狼案”改编。 混迹于各种下层场所的无照化妆师马二灿（郑则仕 饰）、驾驶教练邓子敬（徐锦江 饰）和商社服务生李怀（梁家辉 饰）三人年少时结为兄弟，如今靠马二灿工作之便，他们时常坑蒙拐骗，然而三个底层市民的小把戏被李怀之老板发现后每每被当场拆穿并遭辱骂。李怀又因舞女情妇与老板的公子发生冲撞，三人心怀愤懑，遂计划绑架老板家公子勒索，不料计划被赌徒蛇仔明偷听，于是当夜只得带上蛇仔明匆忙行动，他们得手后不慎将老板公子打死，勒索不成四人再度绑架老板本人，终于得逞，然而一张悲剧的网也逐渐向他们收拢……
这部《雄霸天下》的故事紧接《岁月风云》展开。陆云生（吕良伟 饰）场面做大，他为人重情义不计开销导致入不敷出，遂计划涉足银行业，岂料上海各银行家集体抗拒。陆请动古羽（苗侨伟 饰）协助，终令银行家们低头服输……1937年，政府推行“新生活”运动，陆云生放弃鸦片生意带头戒毒，结果险些丧命，不久卢沟桥事变爆发，陆云生为支持抗战捐赠战机，却仍没有挽回上海沦陷的结局，是役更导致他众多门生身亡。陆云生为躲避日本人暂居香港，期间黄金荣（郑则仕 饰）留沪装傻；袁肃军（徐锦江 饰）投靠日军成为汉奸，陆云生只得派出阿山（汤镇业 饰）刺袁。 抗战终于胜利，陆云生有望成为上海市长，让他颇感欣慰，但冷酷的现实是他已失去利用价值，一代枭雄在不属于他的时代渐入穷途……
