德川幕府时期，刽子手拜一刀（田村正和 饰）深得主公信任，然以柳生备前（桥爪功 饰）为首的柳生一族觊觎大权，因此视武功高强的水欧派剑客拜一刀如大敌。在正式比武前夕，备前设计陷害拜一刀，并杀害了他的妻子蓟（古手川佑子 饰），致令拜一刀挥刀而起，斩杀前来拘捕他的官差。在此之后，他与有着“暗里柳生”之称的柳生烈堂（仲代达矢 饰）相约决斗，最终取胜，于是获准带着儿子大五郎离开江户。从此，拜一刀化身为独行江湖的赏金杀手，与宿敌柳生一族结下难以化解的仇恨……本片根据小池一夫和小岛刚夕的原作漫画改编，并荣获1994年日本电影学院奖最佳男配角奖（田中邦卫）
深夜，于大内皇宫之中皇帝被蒙面人所挟持，交出星邪剑谱。蒙面人使出灵犀一指，天下人皆认为是陆小凤（张智霖 饰）所为，剑谱也被送往西门吹雪（何润东 饰）的万梅山庄。次日全城开始通缉陆小凤，江湖中人也纷纷围着陆小凤转，企图取他项上人头。陆小凤在毫无选择之中被血衣堂看中，血衣堂要他去拿回星邪剑谱。得到徒弟清清协助的陆小凤成功把西门吹雪带来京城，却在破庙处被血衣堂暗算，亲眼看见西门吹雪和清清被烈焰包围。
从俄罗斯押送回国的贪污犯詹明辉及两名俄罗斯警察被人半路劫杀，焚尸灭迹。舒雅和叶聪发现疑点，查明是詹明辉假死脱身的把戏。为找詹明辉，叶聪深入虎穴，危在旦夕。中俄警方赶到，救出叶聪，将詹明辉抓捕归案。
暗夜来袭都城内邪祟出没，数名王室宗亲与大臣接连离奇死亡。顿时龙颜震怒朝野沸腾，年轻的御前夜巡使燕离临危受命，立下军令状三日内必破悬案，誓死捍卫“夜巡使”的尊严。面对形势的步步紧逼，特务机构的处处掣肘，幕后凶犯的层层圈套，燕离抽丝剥茧与人、妖各方斗智斗勇殊死角力。伴随着真相的临近，一场关乎生命与荣誉，阴谋与爱情，江山与苍生的人妖鏖战也徐徐拉开了帷幕。
