以悟觉和尚为首的少林十八棍僧接到皇上的御诏，奉旨南下抗倭。江浙前线，棍僧救下一队百姓，倭寇首领的亲弟弟被棍僧所杀。棍僧带领难民前往飞鱼隘口，寻求驻守明军的帮助。谁知飞鱼隘口的明军早已逃离，棍僧们只好先在此歇脚。浑然不知倭寇派出主力部队攻打飞鱼隘口，土城中仅存的百姓都是老弱妇孺，棍僧们决定留在土城帮助村民抵抗倭寇。生死存亡之际，十八棍僧共同抵挡了倭寇的进攻。但因师弟的冲动，几位师兄弟被倭寇杀害。倭寇首领得知土城中有少林的和尚，派出了忍者部队进行偷袭，以便发动最后的决战，誓要攻下飞鱼隘口，杀掉和尚为弟弟报仇。棍僧们为了掩护百姓们撤离，摆出了棍阵，以肉身阻止了倭寇的疯狂进攻，成功让百姓脱离危难。
在右玉关，长期受到番军围攻的局势愈发岌岌可危。奸相严嵩把持下的朝政对此却坐视不管，毫无作为，导致守将杨选只能率部顽强抵抗，苦苦等待友军的粮草支援。就在右玉关即将陷入绝境之际，平安镖局的粮草在纷飞的战火中安全送达，这无疑为已断粮三天的右玉关带来了生的希望。副总镖头谷平安将押镖的粮草亲自交给杨选，彼此间的感激之情不言而喻。但在交接过程中，谷平安得知番军虽然近期未攻城，却向城内连续抛扔死尸，心中不禁生出警惕。 谷平安急忙赶到城门，察看这些被抛进城中的死尸。他发现每具尸体上都有着不同程度的黑斑，那是他毕生所见的黑斑病，这种传染性极强且病死率高的疾病让他心中升起了不祥的预感。谷平安与王兆兴一同前往城内的殓尸房，准备对尸体进行集中处理，越是深入，他们对番军借此手段将右玉关化为死城的企图越发坚定。随着黑斑病在右玉关迅速蔓延，感染人群不断增加，守将杨选不得不求助于右玉关的郎中。然而，他发觉所有的郎中竟在一夜之间消失不见，这让人不禁怀疑其中是否有阴谋。同时，来自京城的谍报传来，张太医在太白楼集结中原名医时，遭到不明杀手的全数杀害。右玉关被番军抛出的传染性死尸与京师名医遭劫杀之间的巧合，似乎暗示着一场更大的阴谋。
