200年前，超元世界的人类和来自其他世界的怪兽发生了战争。为了对抗强大的怪兽，人类发明了超元卡装置，将怪兽封印在超元卡中，结束了战争。主人公云天曾是一位热爱超元卡比赛的少年，但是体质特殊的他无法控制好超元卡中的怪兽能量。一天，他意外从爸爸发掘的古遗迹中获得了一个神奇的卡盒。云天决定前往寻找4张传说超元卡，希望用向超元卡许愿的方式找回哥哥。就这样，云天告别了父母，踏上旅程
在与世界隔绝的博尼湾岛上，天才少女小珍与她的冒险家爷爷和一群恐龙们一起和睦的生活在这里，建造了最尖端的城市“恐龙小镇”。可是在恐龙小镇上其实还生活着另一个人，那就是坏蛋科学家阿麦。他为了捉到恐
